按照自然資源部陸昊部長2018年6月調研西安市秦嶺生態環境保護工作后的批示要求，為了持續深入加快推進國土督西函〔2018〕51號文反饋的5個方面問題的整改落實工作，在目前沿山相關區縣政府和市級相關部門整改進展的基礎上，制定該工作方案。
方案總體要求：以國家領導人新時代中國特色社會主義思想為指導，堅決貫徹國家領導人重要批示指示精神，進一步提高政治站位，切實增強“四個意識”，堅決做到“兩個維護”。全面落實《中共陜西省委關于全面加強秦嶺生態環境保護工作的決定》和省政府《秦嶺生態環境保護行動方案》，深刻汲取秦嶺事件教訓，切實履行職責，建立健全秦嶺生態環境保護長效機制，以零容忍的態度徹底排查、徹底整治、徹底查處破壞秦嶺生態環境的行為，持之以恒有效保護秦嶺生態環境。
礦業權退出
關閉46個礦權
礦權數量減少到14個
礦業權退出和地質環境治理方面，合法礦業權退出補償和地質環境治理尚未完全到位。
已開展工作 截至目前，沿山各區縣政府已按照《西安市秦嶺北麓礦山專項整治方案》(市政辦發〔2015〕25號)要求，共關閉46個礦權，礦權數量已經減少到14個(采礦權8個、探礦權6個)，提前完成2020年礦山整治任務。目前秦嶺北麓除藍田堯柏水泥小寨石灰巖礦間歇生產外，其余全部處于停產停工狀態。
2018年7月31日，省政府印發了《陜西省涉及保護區礦業權退出的指導意見》。2019年初，西安市自然資源和規劃局制定起草了《西安市礦權退出補償辦法》，對補償方式、補償標準和資金籌措等內容做了詳細的規定和說明。
地質環境治理方面主要做了4項工作：
一是2018年6月以西安市政府辦公廳名義印發《西安市礦山地質環境保護與治理規劃(2018—2025年)》，計劃完成66個礦山(有主礦山8個、無主礦山58個)地質環境治理，需投入資金8057.25萬元。同年，向部、省申請礦山地質環境治理專項資金2286萬元。
二是治理了藍田縣堯柏大茂嘴礦等16個礦山的地質環境，投入2160余萬元，生態恢復面積612畝。
三是采取獎管結合的方式，推進地質環境治理。2018年原市國土局與市財政局聯合發文要求設立專項資金用于礦山地質環境治理工作。專項資金規模為每年500萬元，根據年度考核情況，對完成恢復治理任務的區縣按照15萬元/公頃的標準進行獎勵，對超額完成的部分，按照20萬元/公頃的標準進行獎勵。
四是加大對生產礦山企業的監管力度。督導企業編制并落實《礦山地質環境保護與土地復墾方案》，按照《西安市礦山地質環境治理恢復與土地復墾基金實施辦法》(市國土發〔2018〕266號)提取礦山地質環境治理恢復與土地復墾基金，專項用于礦山地質環境治理恢復與土地復墾等工作，及時履行恢復治理義務，不造成新的“歷史欠賬”。
存在問題 合法礦權退出機制尚未出臺，規范退出缺乏依據;礦山地質環境治理方面在工程措施與自然恢復選擇上認識不統一。
整改措施 一是盡快出臺《西安市礦權退出補償辦法》，統籌做好合法礦業權退出和礦業權人合法權益保護工作，力爭2020年底前全部退出。二是堅持保護優先、自然恢復為主，依靠自然本身的修復能力，輔以必要的人工措施，持續加快實施關閉礦山的生態修復。
耕地和永久基本農田保護
將17.13萬畝25度以上坡耕地從永久基本農田中退出
耕地和永久基本農田保護方面，25度以上坡耕地多，全面退耕還林還草與耕地目標責任制落實矛盾突出。
已開展工作 一是完成281.4萬畝永久基本農田劃定，將17.13萬畝25度以上坡耕地從永久基本農田中退出(現狀為耕地)。二是市政府與沿山6區縣政府簽訂了358.7萬畝耕地保護目標責任書，將區縣耕地保有量、永久基本農田保護面積納入全市年度目標責任考核內容。
存在問題 西安市2017年土地變更調查數據顯示，25度以上梯田及耕地面積17.4萬畝，沒有納入到國家2014年開展的新一輪耕地還林總體規劃中，退出機制不完善。
整改措施 加強請示匯報，爭取盡早將秦嶺生態保護區25度以上坡耕地退耕還林任務納入國家退耕還林總體規劃中，同步調減西安市耕地保護指標，在國土空間規劃中核減25度以上坡耕地的規劃指標，加快退耕還林還草進度。
保護區內農民生產生活
加快污水處理設施建設
2019年底完成整改任務
保護區內農民生產生活方面，農家樂增長較快，缺乏總量控制機制。
已開展工作 2018年西安市印發了《西安市秦嶺生態環境保護區農家樂管理辦法》(市政辦發〔2018〕13號)、《西安市秦嶺北麓農村生活污水設施建設實施方案》(市秦管會發〔2018〕4號)和《西安市秦嶺生態保護區農家樂污水治理獎補辦法》。已完成農家樂摸底，目前西安市秦嶺生態環境保護區范圍共有農家樂2319戶，其中：灞橋區67戶、臨潼區34戶、長安區1007戶、鄠邑區405戶、周至縣235戶、藍田縣571戶。完成治理1263戶，完成率54.5%，采取農村管網收集的773戶，自建設施148戶，關閉取締342戶。
存在問題 農家樂形成的時間長、跨度大，點多面廣，管理仍不規范;農家樂和農村污水處理設施建設剛剛起步，進展不平衡，污水處理率有待提升。
整改措施 進一步夯實責任，落實好《西安市秦嶺生態環境保護區農家樂管理辦法》(市政辦發〔2018〕13號)，加快污水處理設施建設，2019年底完成整改任務。
基礎設施、小水電建設和旅游開發
有小水電站52座
已清理整治7座
基礎設施、小水電建設和旅游開發方面，存在項目未批先建、臨時用地復墾不及時、違法用地等問題。
已開展工作 一是基礎設施涉及臨時用地、棄渣場復墾情況。中交二航局西成客專建設項目涉及臨時用地29宗。其中林地22宗200.814畝、耕地4宗40.3畝、建筑棄地3宗36.51畝。截至目前，22宗林地上臨時建筑和棄渣已全部清理，植被正在自然恢復，其中，二工區 峪溝口臨時棄渣場和2號拌合站共18.93畝已全部清理復綠到位，四、五工區人工駐地共25畝已全部清理復綠、七工區拌合站和人工駐地共20畝已全部清理復綠;4宗占用耕地的臨時用地已完成臨時建筑物(構筑物)拆除清理和復墾，正待驗收;3宗建筑棄地已拆除清理結束，恢復了土地原貌。二是秦嶺生態保護區內小水電站清理整治工作。完成了小水電站摸底調查工作，出臺了《秦嶺北麓西安段小水電站管理實施辦法》，開展了小水電站清理整治工作。西安市秦嶺北麓共有小水電站52座，截至目前完成清理整治7座。三是開展旅游開發項目未批先建、違法用地等問題“拉網式”排查整治工作。“拉網式”排查發現疑似違建點位3035個，其中基礎設施類、旅游開發類項目疑似問題123個，制定印發了《西安市秦嶺北麓九類違建整治指導意見》，開展了整治工作。
存在問題 小水電站退出和“拉網式”排查問題整改進展不平衡，需加快進度。
整改措施 一是按計劃加快開展小水電站清理整治工作。對已關停的小水電站制定拆除和生態恢復方案，開展綠色水電站創建工作。二是加快推進“拉網式”排查發現問題整治工作，加強工作力量，在2019年6月底前完成基礎設施類和旅游開發類項目問題整治任務。
管理工作
明確84項工作任務
目前已完成48項
管理工作方面，存在薄弱環節。
已開展工作 加強市、區(縣)兩級秦嶺保護機構建設，將原保護管理委員會升格為市委的議事機構，新組建市秦嶺保護局作為市政府工作部門;建立健全秦嶺生態環境保護長效機制，明確84項工作任務，目前已完成48項;全面實行秦嶺生態環境保護網格化管理，管理末梢延伸至沿山村組，開展網格化日常巡查檢查，啟動“數字秦嶺”監測平臺建設;制訂了《西安市秦嶺北麓生態環境保護工作專項考核辦法》及《西安市秦嶺北麓生態環境保護考核評價細則》，實施差別化考核;完成生態紅線劃定方案編制，完成長安、鄠邑2區生態保護紅線的勘界定標試點工作。
存在問題 西安市秦嶺保護局“三定”方案和內部機構設置還未確定，區(縣)保護機構改革未完成，涉秦嶺保護的相關市級部門的權責清單還需進一步細化，因機構改革，已形成的長效機制建設需要進一步調整。
整改措施 一是加快劃定秦嶺生態保護紅線，設立保護界碑、界樁，公布負面清單，實行最嚴格的保護和最嚴密的管控。二是盡快制定出臺《西安市秦嶺生態環境保護長效機制工作實施方案》。結合市級部門、區(縣)政府的秦嶺保護管理職責，盡快出臺《西安市秦嶺生態環境保護長效機制工作實施方案》，全方位建立健全涉秦嶺保護工作的管理機制。三是加強督促檢查，抓好數字秦嶺、網格長制等84項長效管理制度落地見效。