從征求意見至今歷時兩年多時間，《排污許可管理條例(草案)》獲得通過。會議明確根據污染物產生量、排放量、對環境影響程度等，對排污單位實行分類管理，規范排污許可證申請審批程序，要求排污單位建立環境管理臺賬記錄制度、公開排放信息，強調加強事中事后監管，對違法行為加大處罰力度，采取按日連續處罰和停產整治、停業、關閉等措施從嚴處理，提高違法成本。會議還研究了其他事項。
當前無證排污等現象仍普遍存在多年來，我國一直加強推進排污許可證管理工作。2001年，原國家環保總局頒布了《淮河和太湖流域排放重點水污染物許可證管理辦法(試行)》，這是我國第一部流域層面的排污許可證管理規定。排污許可制度在一些地方、一些領域內也在不斷探索前行。2016年11月，國務院辦公廳印發通知，提出到2020年，完成覆蓋所有固定污染源的排污許可證核發工作。2016年12月，原環境保護部印發《排污許可證管理暫行規定》，文件提出將分批分步驟推進排污許可證管理，排污單位應當在名錄規定的時限內持證排污，禁止無證排污或不按證排污。2018年1月，生態環境部印發《排污許可管理辦法(試行)》，要求在2015年1月1日及以后取得建設項目環境影響評價審批意見的排污單位，環境影響評價文件及審批意見中與污染物排放相關的主要內容應當納入排污許可證管理。
從整體來看，我國排污許可制度正在不斷完善，但也存在著諸多問題。比如：排污許可制定位未在法律法規層面理順明確，按證監管執法體系尚未建立，排污單位主體責任落實不到位，無證排污、不按證排污現象普遍存在，法律未明確排污單位法律責任等，一系列問題都制約了排污許可制度的實施效果。為此，2018年11月，生態環境部公布了《排污許可管理條例(草案征求意見稿)》，并公開向社會征集意見。此次國務院常務會議通過《排污許可管理條例(草案)》，對違法行為加大處罰力度，采取按日連續處罰和停產整治、停業、關閉等措施從嚴處理，提高了違法成本。基本實現固定污染源排污許可全覆蓋排污許可制度是依法規范企事業單位排污行為的基礎性環境管理制度，環境保護部門通過對企事業單位發放排污許可證并依證監管實施排污許可制。
排污許可證管理是有效實行企事業單位污染物排放總量控制的基礎性工作。2015年，政協第十二屆全國委員會委員傅建榮曾建議加快排污許可證立法，他提出，排污許可證制度有利于環保部門及時掌握各方面情況，及時制止違反規定排放污染物、損害環境的活動，并可深化和帶動相關的環境管理制度，使環境保護科學化、環境管理定量化。同時，排污許可證是對污染源進行監督管理的基礎。實際上，記者在此前的采訪中，多位業內人士都曾呼吁要加強排污許可制度的法律地位，加快推進排污許可管理工作。
從美國等發達國家實施成效看，排污許可證管理對于強化環境管理具有非常明顯的成效。2019年6月，生態環境部環境影響評價與排放管理司司長劉志全在新聞發布會上回答記者提問時曾表示，排污許可制實施以來，“一證式”管理的理念正在逐步推進，排污許可制度的先進性和生命力開始在實踐中得以呈現，取得了積極進展。截至2019年6月27日共發證50894張，登記企業排污信息2.6萬余家。今年8月，生態環境部介紹，已基本完成33個行業排污許可清理整頓工作，正在有序推進91個行業發證登記工作，擬于9月底基本完成。目前，全國共計發證34.1萬余張，對250萬余家企業進行了排污登記，管控大氣污染物排放口155.1萬個、水污染物排放口114.8萬個。在2020年底前有望基本實現固定污染源排污許可全覆蓋。