按照《規劃》要求，“十三五”期間，我市將深入推進治水治氣治土三項重點任務，持續改善環境質量，到2020年，湖州市市控以上地表水監測斷面達到或好于III類水質比例達到95%以上，環境空氣PM2.5下降到42微克/立方米;同時，進一步優化產業結構，到2020年，全面淘汰重污染、高耗能的落后設備及工藝，騰出50萬噸標準煤的用能空間。
治水：全市完成2200公里河道清淤
95%以上市控以上監測斷面達到Ⅲ類水
“五水共治”讓身邊出現了越來越多“清清的河”，目前，我市已經提前完成了“到2017年底全面剿滅劣V類水水質斷面”的省定目標。按照《規劃》要求，到2020年，市控以上地表水監測斷面達到或好于Ⅲ類水質比例達到95%以上。
“十三五”期間，我市將繼續推進苕溪清水入湖河道整治、杭嘉湖環湖河道整治、太嘉河、擴大杭嘉湖南排等四大重點水利工程，重點實施環湖大堤后續工程、苕溪清水入湖后續工程、太嘉河及環湖河道后續工程等三大后續工程。
全面開展河湖庫塘清淤治污，到2020年，全市完成2200公里河道清淤、清淤土方4800萬立方米，并根據河道回淤情況長期堅持輪疏清淤。加快農村河道和河溝治理，完成農村生態河道治理400公里，完成農村河溝綜合整治90公里。
在工農治污方面，我市將持續發力，2018年底前，所有工業集聚區和工業平臺完成污水集中處理設施規范建設并安裝監控設備。繼續實施畜禽和溫室龜鱉養殖業“雙控”工作，生豬年存欄量控制在40萬頭以下，商品溫室龜鱉全面清零。
同時，強化河道長效管理，全面建立完善河長體系，將所有河道納入長效管理范圍，強化水環境質量目標管理，落實長效保潔，實施生態修復，確保河道環境優美、水清岸綠。“十三五”期間，我市還將加強退化濕地的恢復和治理，開展濕地污染整治、濕地功能恢復、濕地公園建設，維護濕地系統的自然生態特性和基本功能。到2020年，建成濕地自然保護區2個，濕地自然保護小區8個，濕地公園5個，重要濕地39個，湖州市濕地保護面積達到90%以上。