主要問題有：北京市空氣重污染應急預案中，將自2016年10月停止生產至今僅從事售后及倉儲的北京高陽采暖設備有限公司列入停限產企業名單。
滄州市新華區住建局制定的應急預案在出現重污染天氣時無具體響應措施，對施工工地揚塵監管僅停留在匯報上，無具體處罰措施。高新區重污染天氣應急預案停限產企業清單僅有2家企業，且該區最大的大氣污染物排放源達力普石油管道有限公司未納入停限產企業名單。
唐山市遷西縣商務局重污染天氣專項應急方案不實，無針對措施，無落實清單。
廊坊市永清縣建成區氣代煤2016年強化措施任務未完成，市里要求完成氣代煤任務16945戶，該縣僅2200多戶完成通氣任務。
太原市《關于進一步加大冬季大氣污染嚴控工作力度的通知》要求冬防十二條措施延長至2017年3月15日，在此期間，所有渣土車輛全部停運。夜查中發現2輛渣土車輛正在運輸渣土，苫蓋不嚴，造成揚塵和道路遺撒。晉源區政府《重污染天氣應急預案》部分企業應急措施不可操作，無法取得污染物減排效果。預案要求太原紫鑫包裝有限公司在發布黃色預警后停止運行燃煤設施。檢查發現，該企業已完成煤改氣工作，現使用天然氣。經詢問，該企業負責人不知道重污染天氣應急要求。經調閱企業鍋爐臺賬發現，該企業在重污染天氣應急響應期間天然氣消耗量與平時相比沒有變化。
臨汾市襄汾縣重污染天氣應急預案中確定的23家應急限產、限排企業中，有8家在預案啟動前就屬于停產狀態。襄汾縣政府與縣工商質監部門提供的燃煤鍋爐數據出入較大，存在底數不清的問題，襄汾縣政府稱全縣燃煤鍋爐共55臺，但工商和質量技術監督局提供的材料中全縣燃煤鍋爐128臺。
鄭州市新鄭應急預案減排清單不全，應急預案減排清單中涉及使用燃煤鍋爐企業僅2家，現場發現至少4家企業的5臺鍋爐未納入清單。
此外，部分企業存在環境問題：北京市躍通水泥制品有限公司為重污染天氣應急停限產企業，向政府有關部門報告自2016年11月底至2017年2月20日停產。檢查發現，電費繳費單顯示2016年12月用電量未減少，甚至比正常生產月份高。